Отредактируйте шаблон header.search.html в приложении «Сайт».
Добавьте код:
{if class_exists('shopSearchproPluginViewHelper')}
{shopSearchproPluginViewHelper::field()}
{else}
.... {/if}
Как это выглядит в шаблоне:

Чтобы убрать свои чекбоксы от плагина и оставить только от темы, нужно прописать в CSS:
.searchpro__page-filter_checkbox,
.searchpro__page-filter_radio {
display: block;
}
.searchpro__page-filter_checkbox .searchpro__page-filter_checkbox-custom-field {
display: none;
}
Чтобы скрыть стандартный сайдбар темы, который не нужен при использовании фильтрации в плагине поиска, надо сделать следующее:
1. В шаблоне index.html найти блок, начинающийся с <div class="sidebar_holder sidepos_{$side_pos}
затем вокруг этого блока добавить условие:
{if $wa->param('plugin') !== 'searchpro'}
...... block ......
{/if}
Получится примерно так:

2. После этого нужно сделать, чтобы ширина основного блока стала нормальной, для этого в шаблоне search.html в самом конце допишите:
{if $wa->param('plugin') === 'searchpro'}
<style>
.content_holder { width: 100%; padding-left: 20px; }
</style>
{/if}