Добавить фильтры с одинаковыми характеристиками нельзя. Это сделано для того чтобы избежать дублирования фильтров. Чтобы решить вашу задачу, нужно добавить один фильтр, выбрать для него характеристику «color» прописать URL и «SEO-наименование», указать, в каких категориях будет выведен фильтр (указать все категории). Затем нужно добавить персональные мета-теги и описания для каждой категории в отдельности.
Шаг 1. Добавить фильтр, указать категории
Шаг 2. Добавить персональные правила для отдельных категорий
Персональное правило для категории «Карандаши»
Персональное правило для категории «Фломастеры»
Результат фильтрации: